制冷系统的保护主要是压缩机的保护。一般有压力、压差保护、温度保护、水套断水保护等。
压缩机的自动保护有两个方面:一是制冷系统的联锁保护(不是压缩机本身的事故导致的压缩机不能启动或事故停车的保护装置);二是压缩机的自身保护。
在压缩机的压力、压差保护和断水保护中，由于保护装置的感受部位均与制冷剂直接接触，故反应速度比较快，也较准确。在温度类的保护装置中，由于感温部分在大多数情况下只和制冷剂间相接触，管路中制冷剂的温度要通过管壁等才能传至传感器的感温包，所以温度的感受时间长。
在冷藏库安装以后，要对制冷系统进行检漏、试压、抽真空、充注制冷剂等操作，并对系统进行全面的调试，即对整个制冷系统的自控和设备运转进行全面的检查和调整，其调整依据是制冷系统的自控流程图。只有在全面地调整以后，冷藏库方可进入正常的运转使用。
