螺杆式制冷压缩机的自动启停与活塞式制冷压缩机启停程序基本相似，这里要特别强调一点就是，在自动控制电路设计时.要保证机器停车，能量调节装置处在最小能最上，以满足制冷压缩机轻载启动的要求。
螺杆式制冷压缩机的正常开机，停机信号常由智能液晶温度控制器(或压力控制器)，手动按钮发出，非正常停车(即事故停车)由各安全保护装置发出。
螺杆式制冷压缩机在自动运行时，如果出现非正常情况，安置在压缩机上的各种安全保护装置马上就会感知到并及时做出动作，切断压缩机电源使其停车.同时显示出停车原因。在正常制冷运行中.通过能量调节机构.自动进行能量调节.保证制冷压缩机的制冷最与制冷系统热负荷相适应。
螺杆式制冷压缩执早期的自动控制系统是采用继电器控制电路，用带可逆运转电动机的凸轮开关(或称凸轮调节仪)来实现可延时的能量逐级增减功能。但由于各控制元件性能不稳，常造成误差，甚至误动作，同时控制线路繁杂，维护修理都不方便，逐渐被可编程控制器所取代.但它的引人并没有改变传统的控制模式和系统组成.制作厂家在其基础上不断改进，随着计算机科学技术的广泛普及，至20世纪90年代后期出现了制冷装置计算机智能化自动控制系统。这是一种充分发挥了计算机所具有的判断，处理和运算功能，用于取代传统控制，跳出了传统控制模式。使制冷装置智能化，最好的发挥装置的能力和最大限度地提高其运行效率，使其成为真正的机电一体化装置。
微电脑智能化控制型螺杆制冷机组自控设备.是采用微电脑控制器.用软件程序完成机组全自动控制的电控设备，是实现全自动控制过程的理想设备，不仅能实现单台机组的自动运行，还具有群控功能.通过多台机组群控总线的连接，使多台机组互相通讯协调工作，使整个机群以最佳状态运行。具有两种工作状态，即手动控制状态和自动运行状态，有故障自动报警、自动保护的功能，并直接显示出排气压力、吸气压力、喷油压力和压缩机电动机的运行电流。
