离心式制冷机组存在一些缺点。例如它的排气最和排气压力与叶轮尺寸和转速保持一定的依存关系。由于叶轮的转速很高，而尺寸受加工的限制往往不能造得太小。它的排气量一般希望不小于2500m³/h，因此决定了离心式制冷机适用于较大的制冷量。
1.离心式压缩机由于气流速度高，在流道中的能量损失也很大。因此效率一般低于活塞式压缩机。对小型机组尤为显著。
2.由于转速高，对材料的强度、加工精度和制造质量都提出了较高的要求，因而造价较高。离心式制冷机使用的材料，无论是壳体、叶轮、叶轮轴、隔板和迷宫等，均需使用高级合金钢，而活塞式则一般多使用黑色金属，同时在大多数情况下不能和电动机直联，而要增添增速器。
此外，离心式制冷机的工况范围比较狭窄。不宜采用较高的冷凝温度和过低的蒸发温度。
