蒸发式冷凝器受结构形式的限制，其除垢很困难。有的制冷系统在进行蒸发式冷凝器除垢时，反复采用热泵循环，将蒸发式冷凝器管外污垢与金属管同时加热，利用其与金属热胀冷缩量不同的性能，经降温使翅片管上的水垢脱落。但这种操作复杂，实际效果不好，一般很少使用。通常对冷却水进行软化处理以防止蒸发冷凝器结垢。
(1)蒸发式冷凝器的水系统中初期注入的水应经过水处理，最好初期注入的是蒸馏水。
(2)在循环水管上安装磁水除垢器。除垢器的结构安装位置如图4一9和图4一10所示。
冷却水进入冷凝器前流经除垢器的横向磁场，改变了结晶条件，使构成水垢的碳酸钙结晶疏松而呈渣状，且附着力极低，极易被冷却水冲走，然后在水池中沉淀，故可定期排出。
(3)在冷却水循环水池内加入0.01%的运行去垢剂或0.5%的锅炉除垢剂，使水池内的冷却水软化。这种方法简单易行，只需经常排除水池下部沉淀的盐类物质，应注意水中的药物浓度，就可防止蒸发式冷凝器结垢。
冷凝器的除垢是非常短效的，虽然已有的除垢方法有长期的效用，但需用管理的辅助手段来加强。国外还用臭氧等方法加上自动程序来定时除垢，以达到长期除垢的目的。
