冷库气流组织方面存在的问题。对于大多数冷库的冻结间，其冷风机的风向风量大多不可调，其气流组织也存在布风不均、冷风旁通量大、食品上中下侧及迎风面与背风面温差和风速差大等问题，使冻品降温速度快慢不均，延长了整体冻结时间，迎风面食品干耗严重，食品的质量不能很好地保证，也浪费了能量。
制冷设备选型、管理与维护方面存在的问题。由于设计人员在设计阶段计算过于保守，余量考虑过大，可能使设备选型过大，这无疑增加了初投资和运行费用。设备的使用过程中，如蒸发器除霜、不凝性气体的排放与润滑油的分离不及时、冷却水水质未经处理等都将引起设备传热性能的恶化，增加能耗。
能量综合利用方面存在的问题。冷库作为一个耗能大户，它消耗了大量的电能，必然向周围环境放出大量的热量。当前的大部分冷库对于废热的利用比例甚小，冷库的废热绝大部分通过冷却塔(或风冷式、蒸发式等各种冷凝器)释放给了周围环境。而对于用热的单位企业甚至冷库生产的辅助车间，可能再次消耗电能或其他能源。
冷库自控方面存在的问题。当前不少冷库采用自动控制系统，但自动化的综合程度较差，制冷压缩机、冷凝器、蒸发器及其辅助设备的自控系统各自为政、互相独立，虽然这种系统的可靠性较高，但节能效果不明显，井不能真正实现设备间的最优化配置，操作管理不方便，这种自动控制系统只能是半自动系统。
