设备腐蚀。循环冷却水系统中，换热设备主要采用铜材或碳钢材料。长期使用循环冷却水会发生腐蚀穿孔，其腐蚀原因是多种因素造成的。一是冷却水中溶解氧引起的电化学腐蚀。敞开式循环冷却水制冷系统中，水与空气能充分地接触，因此水中溶解的O2可达饱和状态，当碳钢与溶有O2的冷却水接触时，由于金属表面的不均匀性和冷却水的导电性，在碳钢表面会形成许多微电池，微电池的阴、阳极上分别发生氧化还原的共轭反应。
各种因素对碳钢引起的腐蚀常使换热器管壁被腐蚀穿孔，形成渗漏，或工艺介质泄漏入水中，损失介质，或冷却水深入其中，使系统运行受到影响。如某单位制冷机组蒸发器水管腐蚀穿孔，水渗入蒸发器内，随制冷剂进入半封闭压缩机，造成压缩机电机绝缘破坏，烧毁。
微生物的滋生和粘泥污垢。冷却水中的微生物一般是指细苗和藻类。在新鲜水中一般细菌和藻类都较少，但在循环冷却水中，由于养分的浓缩、水温的升高和日光照射，给细菌和藻类创造了迅速繁殖的条件。大量细菌分泌出的粘液，像粘合剂一样能使水中的灰尘杂质和化学沉淀物等粘附在一起，形成粘糊糊的污染，它们粘附在换热器的传热表面上.这种污染有人称它为生物粘泥，也有人把它叫做软垢。软垢积附在换热器管壁上，除了会形成氧的浓差电池引起腐蚀外，它们还会使冷却水的流量减少，从而降低换热器的冷却效率，严重时，这些生物粘泥会将管子堵死。在制冷与空调机组中，冷凝器冷却水管堵塞，会造成冷凝器换热效率下降、冷凝压力超高、制冷压缩机耗能严重、制冷效率下降等问题。
