手工清除法。一般适用于大气式(淋激式)冷凝器，用特制扁铲和小锤，把管子表面的垢层除掉。这种方法，劳动强度大，效率低。
机械清除法。将卧式壳管式两端的铸铁封头拆下，立式壳管式要将上边挡水板拿掉，用洗管器进行除垢，用特制刮刀接在钢丝软轴上，另一端接在电机轴上。滴除水垢时，将刮刀以水平位置或垂直方向插入冷却管内，开动电机就可以刮除水垢，同时用橡皮水管冲洗刮下的水垢并冷却刮刀，应注意冷凝器的焊口或胀口，以防展动而出现泄漏。这种方法效果较好，但除垢不很彻底。
化学除垢法。盐酸溶解法所需的设备为耐酸泵和耐酸池。将系统中的制冷剂抽出。关闭冷凝器进、出水管，并拆下进出水管接管处。将冷凝器的进出水管接头同酸洗系统连接。酸洗液从冷却水出口处流入循环槽，经槽中过涟后重复循环使用。循环时间视水垢清除程度而定。酸洗液的配制:盐酸浓度10%，每1kg盐酸水溶液加0.5g缓蚀剂，即六次甲基四胺或笨胺与六次甲基四胺的混合物。再用1%的氢氧化纳循环清洗15min,其目的是起中和作用。用清水冲洗，直到水清为止。
用锅炉除垢剂清除法。对立式壳管式冷凝器，在下边用木塞或玉米柱堵住管子口，然后向管内倒锅炉除垢剂，在倒除垢剂时应分3-4次进行，操作人员应穿好工作服，戴好手套和护光眼镜。溶液在冷凝器中30~36h。视水垢的清除情况而定。对壳管卧式冷凝器特制进、出水管弯头，将原进、出水管接头拆下，装上特制有头，向冷凝器内倒锅炉除垢剂。溶液存放时间与立式冷凝器相同。以上方法，设备简单，操作方便，近几年使用较广泛。
对于蒸发式冷凝器的除垢是困难的，一般用软化后的水作为循环冷却水。有的进口设备利用金属的热胀冷缩的性能，将蒸发式冷凝器改为蒸发器，经降温使附着在压力管和翅片上的水垢脱落。这一办法从实际效果看，水垢只能脱落大部分，消除不彻底。最好还是软化水处理法。
