水冷式冷凝器的除垢方法有很多种，可根据不同形式的冷凝器使用不同的方法除垢。
1.人工清除法
用扁铲和小锤沿管道外表面敲击，将管外的水垢清除。这种方法适用于淋激式冷凝器。
若是需清除壳管式冷凝器管内水垢时，可用螺旋形钢丝刷在管道内拉刷。人工除垢的方法简单，但除垢效果不好，效率低，而且劳动强度大。
2.机械清除法
这种方法适用于清除壳管式冷凝器的管内水垢。将卧式壳管式冷凝器两端的封头拆下，若是立式壳管式冷凝器则将接水板拿掉，用管道疏通机进行除垢。
在管道疏通机的钢丝软轴上接上特制的刮起刀，将刮刀和钢丝软轴插入冷却管内，开动管道疏通机就可以刮除水垢。
3.化学除垢法
(1)冷凝器停止运行后除垢通常采用酸洗法，可从市场上购买除垢剂作为酸洗液，也可自行配制浓度为10%的盐酸溶液。
将系统中的制冷剂抽出，关闭冷凝器进、出水管，并拆下进、出水管的接管。将准备好的耐酸泵、酸洗器(酸洗他)及连接管道接在冷凝器的冷却水进、出口处，构成酸洗装置。启动耐酸泵，酸洗液沿冷凝器管道和酸洗器循环流动。溶解冷凝器管道中的水垢。酸洗液的pH很小，与水垢反应时pH会升高。清洗过程中应每30min测定一次pH，直到pH不再升高(说明水垢已清除干净)，将酸洗液中和后排掉。然后用1%的氢氧化钠溶液对冷凝器进行循环中和清洗15min，再用清水冲洗，即可恢复冷凝器的使用。
(2)冷凝器运行时除垢目前除垢剂的品种很多，运行去垢剂可直接加在冷却水中进行除垢，使用时制冷系统不必停止运行。
将运行去垢剂按系统冷却水量0.1%的比例加入冷却水中，随着运行去垢剂与冷却水混合均匀，在运行中达到除垢的目的。除垢期为20~30d。除垢期间水池中的白色盐类沉淀物应经常排污，并及时补水、补药，以保证运行去垢剂的浓度。除垢后系统可正常运行。
4.蒸发式冷凝器的除垢
蒸发式冷凝器受结构形式的限制，其除垢很困难。有的制冷系统在进行蒸发式冷凝器除垢时，反复采用热泵循环，将蒸发式冷凝器管外污垢与金属管同时加热，利用其与金属热胀冷缩量不同的性能，经降温使翅片管上的水垢脱落。但这种操作复杂，实际效果不好，一般很少使用。通常对冷却水进行软化处理以防止蒸发冷凝器结垢。
(1)蒸发式冷凝器的水系统中初期注入的水应经过水处理，最好初期注入的是蒸馏水。
(2)在循环水管上安装磁水除垢器。冷却水进入冷凝器前流经除垢器的横向磁场，改变了结晶条件，使构成水垢的碳酸钙结晶疏松而呈渣状，且附着力极低，极易被冷却水冲走，然后在水池中沉淀，故可定期排出。
(3)在冷却水循环水池内加入0.01%的运行去垢剂或0.5%的锅炉除垢剂，使水池内的冷却水软化。这种方法简单易行，只需经常排除水池下部沉淀的盐类物质，应注意水中的药物浓度，就可防止蒸发式冷凝器结垢。
冷凝器的除垢是非常短效的，虽然已有的除垢方法有长期的效用，但需用管理的辅助手段来加强。国外还用臭氧等方法加上自动程序来定时除垢，以达到长期除垢的目的。
