除人工费用外，运行成本主要包括能耗费和维护保养费。我国中央空调系统的冷源绝大部分采用电动式制冷机(包括活塞式、螺杆式和离心式)，其辅助设备如冷冻水泵、冷却水泵、冷却塔风机、风冷式冷凝器风扇等也均为电动式的，而热源则形式多样:有传统的燃煤锅炉和燃油、燃气锅炉，也有方便快捷的集中供热和电锅炉，还有两用的空气热源热泵和直燃式冷热水机组等。不管热源是何种形式，大多数中央空调系统的主要能耗还是用电。
由于建筑类别和地区不同，中央空调系统的耗电量约占总耗电量的18%~35%，单位建筑面积耗电量约为35~65W/m²。因此，降低中央空调系统运行成本的首要任务是想方设法减少用电量，同时也要尽量减少其他燃料(如煤、燃气、燃油)的消耗量，以降低能源消耗费用。其次，在维护保养方面也要精打细算，尽量减少相关费用的开支。要通过精心操作、细致维护来延长易损件的使用寿命；通过定期的水质检验和监测情况来决定水质处理的合理用药量；通过少量多次和细心检测来适度加注润滑油等。总之，通过严格、规范的管理来减少日常机物料的使用量，以减少相关费用的开支，达到降低运行成本的目的。
目前国内还普遍存在着中央空调制冷系统装得起而用不起的情况，根本原因就是运行费用太高。有的单位空调系统基本闲置不用，不能充分发挥其应有作用。因此，努力降低运行成本是中央空调系统运行管理所要达到的重要目标。
