中小型冷库制冷系统维修后的起动工作完成以后，即可转入自动运转。在其运行过程中操作人员应做好以下几个方面的巡视检查工作。
（1）运转中压缩机不应有局部激热，制冷系统各连接处不应有油渍(开启式压缩机轴封处允许有少量渗油现象)。
(2)运转中压缩机的排出压力和温度。压缩机吸、排气压力是判断系统工作是否正常的重要依据。冷库制冷装置多数为水冷冷凝器，考虑水的温度变化(夏季最高为28-33℃)其冷凝温度多在25-35℃范围内，故其压缩机的排气压力一般数值为：RI2是0.8~1.0MPa.最高不应超过1.2MPa，最低不低于0.6MPa；R22是1. 6-1.9MPa，最高不超过2.0MPa。对于风冷冷凝器，随冷凝温度的提高其冷凝压力也允许相应提高一定数值，但冷凝温度(对R12）一般不应超过40℃，,最高排气压力不应超过1. 5MPa。压缩机排气压力过高，必然造成排气温度高，而排气温度过高，又将恶化压缩机的润滑，影响运转安全。因此，国标对活塞式制冷压缩机做了最高排气温度不超过130℃ (R12)和150℃(R22)的规定。
（3）压缩机的吸入压力与温度。通常把压缩机的吸人压力近似地看作制冷剂的蒸发压力，与此压力相应的饱和温度即为蒸发温度。在直接冷却系统中，通常要求蒸发温度比冷库保持温度低5~10℃，所以蒸发温度为-25℃的情况下，就能满足-15~-20℃的库温要求。在装置运转过程，保证吸入表压力在0MPa以上是必要的。
(4)压缩机的润滑。润滑是压缩机正常运转的基本条件。中小型冷库制冷系统的压缩机是借助曲轴和连杆大头在曲轴箱下部的油槽里产生激烈的搅动而造成飞溅。汽缸镜面上受到飞溅油而润滑活塞、活塞销及连杆小头衬套。主轴承上部有一集油环，收集飞溅的油由此去润滑主轴承及主轴颈。连杆大头因浸在油中而有较好的润滑。此外，还应注意曲轴箱内油位变化。曲轴箱内的油温规定：开启式压缩机不超过70℃，封闭式压缩机不超过80℃。
(5)制冷系统运转过程中，应经常检查自动控制元件工作与指示是否正常。
(6)制冷系统运转过程还须检查各冷库降温、保温及低温冷库蒸发器结霜情况。
