磁化水除垢是使冷却水流过磁水器来除去水垢的方法。磁水器是两面为法兰接头的圆简容器，内部有磁块与铁芯，可形成磁场。磁化器一般安装在冷凝器前面，当水流过磁化器以后，磁场使硬水中的金属离子变形，破坏或者削弱其相互间的作用，从而使水垢不能结成，碳酸钙的结品变成酥松、脆弱的粉末渣状。这种渣状物很容易从冷却水管内排出，残留的少最渣滓也不会形成水垢。磁化处理水的效果同磁场强度、冷却水水质及流速、磁场方向交变次数等有关，因此，磁化器应根据水质进行设计，否则效果得不到保证。
水质稳定剂处理法
在冷却水中添加水质稳定剂，投资少、效果好，采用这种方法较为普遍。水质稳定剂要对腐蚀、水垢及藻类和微生物繁殖抑制性好，无反作用，同时要使用简单且便宜。
目前水质稳定剂主要有偏磷酸盐，磷酸盐等。冷却水在传热管内结垢，其实际是碳酸钙形成的过程。这些药剂能使碳酸钙扭曲、错位，从而干扰和抑制碳酸钙品体的形成，而只能形成畸形的碳酸盐微粒，有效地防止了水垢的产生。
