气调库的制冷系统与高温冷藏库的制冷系统基本一致。但由于气调贮藏的特殊性，故其制冷系统的设置应注意以下问题。
(1)制冷压缩机和蒸发器的配置。在选配制冷压缩机和蒸发器时，应充分考虑其制冷负荷与冷藏库的不同之处。首先，气调库的围护结构耗冷量比冷藏库小，这是由于气调库要求尽量减少外界气温对贮藏温度的影响，因而围护结构的热阻值要求比冷藏库大，隔热层较厚。其次，气调库在入库阶段的货物热负荷较大，与进货速度快、时间短及容积利用系数高(同样容积，气调库装货多)等有关。再次，气调库不存在与外界通风换气的热负荷，而存在气体调节的热负荷，两者相比，后者比前者小。最后，气调库的操作热负荷只有照明热量,没有开门热量和操作人员热量,操作热负荷比冷藏库小。因此，应根据气调库的冷却设备负荷与机械负荷来选配蒸发器和制冷压缩机。
(2)由于气调库的围护结构气密性要求严，为提高库内相对湿度,蒸发器的传热温差宜小不宜大，以减小蒸发器的结霜速度及减少结霜量和加湿器的功率消耗。
(3)气调库在入库和贮藏稳定阶段的热负荷相差较大，当蒸发器选用冷风机时，其轴流风机应采用双速风机，即用改变风速的方法来调节蒸发器的换热能力，以满足热负荷变化的要求并减少货物的干耗。
(4)贮藏温度的静态偏差控制值宜小不宜大，对降低贮藏温度波动的幅度，以及相应地减小库内外压差和库内气体浓度的波动等都是至关重要的。
(5)为了便于管理，库内制冷、加湿等设备的安装位置应考虑易于观察和便于维修。
(6)进入库内的制冷(包括加湿、气调)管道以及与之相关的水电管线，在穿墙处的气密处理十分重要，不得漏气。
(7)库内加湿装置不宜采用电加热或蒸汽加湿之类的装置，以减小库内的热负荷。
(8)制冷冲霜不宜采用热工质或电化霜，宜用水冲霜，既可减少库内热负荷，又有利于库内相对湿度的提高。
气调库的制冷系统有集中式制冷系统和分散式制冷系统两种形式，各有利弊。
