螺杆式制冷压缩机在压缩气体时要喷入大量的冷冻机油，所以螺杆式机组中的辅机要比其他类型的压缩机多，冷冻机油的分离和冷却对机组的正常运行至关重要。
螺杆式制冷压缩机的排气温度一般为80~1000，比往复式的要低，所以油分离效果较好。为了提高分离效果，大中型开启式机器通常在一级油分离器后，再增设二级油分离器，一级油分离器常采用惯性、洗涤、离心、填料或过滤等方法。二级油分离器采用特别的填充物，如不锈钢丝网、玻璃纤维、聚酯纤维或陶瓷等，分离效果非常好。气流速度一般在1~6 m/s之间。
对于半封闭螺杆式制冷压缩机，在排气端设里有四周为螺线形通路的多孔油缸，当高温高压油气混合物排入多孔液压缸的油分离器10时，油被甩向液压缸壁，并在壁面上聚集，经过壁上的孔流到液压缸外壁面，然后流向机体的底部储油槽，制冷剂气体则进入冷凝器。
对于小型的全封闭螺杆式制冷压缩机，油分离器内里在压缩机上，排出的高压油气混合物通过电动机时进行了分离，然后气体通过挡油板进入排气管。
被分离出来的油，温度接近排气温度，大中型螺杆式制冷压缩机必定设置油冷却器，以降低油温，使油具有合理的黏度，便于循环使用。喷入螺杆式制冷压缩机的油温推荐值:采用氨作制冷剂的机器为25~55℃;采用氟利昂作制冷剂的机器为25~45℃。油冷却器有两种类型:一种是水冷却型，需要提供冷却水，实现油的冷却;另一种是制冷剂冷却型，用一定量的制冷剂节流后供入冷却器，制冷剂受热汽化后被压缩机吸走，油得以冷却。
对于封闭式机器，往往采用耐高温的冷冻机油，加上系统采用喷液冷却，一般可省去油冷却器。
