在检查了制冷系统各部分都正常后，方可进行自动开机操作，开机信号可由温度控制器发出，同时还可以配有手动按钮发出开机信号，进行压缩机减载或空载起动，在能量调节装锐和安全保护装置的控制下，机组投入正常有序的运行。正常停机信号可由温度控制器或压力控制器发出，也可以手动按钮发出，事故停机信号则来自安全保护装置。
下面以单级氨压缩机为例，说明自动起停运行的程序过程。合上供电总开关或断路器，制冷系统低压电气控制柜接通电源。
由温度控制器的感温探头感知库房热负荷的变化，当热负荷温度上升到温度控制器调定值上限接通温度值时，温度控制器上微动开关的电触点接通，使控制冷却水泵、压缩机水套电磁阀、冷却塔风机的中间继电器得电，上述设备逐一起动。约过10s，延时机构接通控制氨泵电动机的继电器，使氨泵开机运行，向低压循环储液器供液，约过50s，延时机构接通能量调节卸载电磁阀电路，电磁阀得电开启，来自油泵的液压油流经电磁阀，然后又回到曲轴箱，液压油没有进入卸载液压缸内，液压缸内建立不了足以推动活塞的油压，气缸内吸气阀片顶开，呈卸载状态。
同时，压缩机电动机主电路接接通得电，压缩机在空载(吸气阀片全部被顶起时)或轻载(吸气阀片部分被顶起时)条件下起动运转，建立了正常油压后卸载电磁阀失电关闭，液压油可进入卸载液压缸内建立油压推动油活塞。压缩机吸气阀片落下后盖住吸气孔，压缩机在各安全保护装置的控制下进入负载运行状态。
如果任一个安全保护装置发生动作，都会切断压缩机电动机电源，使压缩机作故障停机，同时接通报警电路，事故红灯亮，提醒操作人员排除故障。当压缩机处于正常运行状态时，能量调节机构则根据冷库或其他制冷场所温度的变化来调整压缩机的制冷量，使之与热负荷的变化相适应，这样压缩机就处于一个经济、合理的运行状态中。当热负荷温度下降到温度控制器调定值下限以下断开温度值时，温度控制器上微动开关的电触点断开，切断压缩机主电路，压缩机停机。
