因为复叠式制冷的蒸发温度较低，由此产生了一些特殊问题。
在选择复叠式制冷的循环形式时，需考虑的问题依次是:
(1)可达到的最低温度可达到的最低温度应比需要的制冷温度低10℃左右。
(2)效率由于复叠式制冷的蒸发温度很低，效率是一个突出的问题，因此，在满足可达到的最低温度的条件下，应合理的选择复叠元数。复叠元数越多，每个部分的效率就越高，但由冷凝蒸发器带来的传热温差也越多。各部分也应合理的选择冷凝温度和蒸发温度，一般来说，各元制冷系数相等时，系统有最高的制冷系数。
(3)可靠性和变工况特性一般来说，复叠元数越多，可靠性和变工况特性也越差。两级压缩系统比单级压缩系统的可靠性的变工况特性差。
复叠式制冷机启动时应遵循严格的顺序进行。由于较低温度级所用的制冷剂的临界温度都较低，在常温下不可能冷凝;且因活塞式压缩机的最高工作压力通常不高于2MPa;应先启动高温部分，待中间温度下降到足以保证较低温度部分的冷凝压力不超过1. 6MPa时，再启动较低温度部分。如此一部分一部分的启动，直至最低温度部分启动为止。
当复叠式制冷机停止运行后，系统各部分的温度会逐渐上升，当温度上升到温度较低各部分制冷剂临界温度时，低温制冷剂就会全部气化，而成为蒸汽，此时压力为临界压力。随着温度的进一步上升，制冷剂成为过热蒸汽，压力也随温度上升。由于制冷系统的设备和管路均有一定的极限承压值，压力的上升通常会高于此极限。为解决这一问题，可在低温部分接入一个膨胀容器，随着压力的上升，大部分制冷剂进入膨胀容器，经保持系统内压力不过高。
