冷却系统应根据冷藏船的用途来选择，运输果蔬和冷却肉的则采用空气冷却装置；运输冻结食品的则采用盐水系统，盐水管为排管，是用无缝钢管以电焊或气焊焊接而成。图7-15为船用制冷装置布局示意图，船上条件与陆用制冷设备的工作条件大不相同，因此船用制冷装置的设计、制造和安装，需要具备专门的实际经验。在设计过程中，一般应注意以下几个方面的问题：
1.船上的机房较狭小，所以制冷装置要尽可能紧凑，但又要为修理留下空间。考虑到生产的经济性和在船上安装的快速性问题，已越来越多地采用系列化组装部件，其中包括若干特殊结构。
2.设计船用制冷装置时，要注意船舶的摆动问题。在长时间横倾达15°，和纵倾达5°的情况下，制冷装置必须能保持工作正常。
3.与海水接触的部件，如冷凝器、泵及水管等，必须由耐海水腐蚀的材料制成。
4.船下水后，环境温度变化较大，对于高速行驶的冷藏船，水温可能每几个小时就发生较大变化，而冷凝温度也要相应地改变，船用制冷装置需按最高冷凝温度设计。
5.环境温度的变化还会引起渗入冷却货舱内的热量的变化，因此必须控制制冷装置的负荷波动，所以，船用制冷装置上一般都装有自动能量调节器，以保持货舱温度恒定不变。
6.运输过程中，为了确保制冷装置连续工作，必须装备备用机器和机组。
7.船用制冷压缩机的结构形式与陆用的并无多大差别，但由于负荷波动强烈，压缩机必须具有良好的可调性能。因此，螺杆式压缩机特别适于船上使用。
河运冷藏船，货舱的隔热层采用软木板、矿物软木等材料制成，隔热层的厚度不超200mm。货舱的冷却采用盐水冷却系统，制冷系统的制冷量为58~175kW。
随着冷藏集装箱的普及与发展，目前水上运输大部分已采用冷藏集装箱代替运输船冷藏货舱来进行易腐货物的运输。冷藏集装箱运输船将成为水上运输的主要工具。
