风机盘管机组的进水冷水温度不应低于5℃，否则可能会引起机组凝露。进水热水温度不应高于80℃(常用60℃)，否则可能引起换热器钢管的腐蚀。
风机盘管运行年久后，其机械性能、电气性能等技术参数都会出现一定程度下降，同时在长期的抽、回风作用下，风机的翅片、滤尘网积满了灰尘污垢，影响了水与空气的热交换，使空调效果下降。同时还造成换热效果差、能耗增加。
风机盘管维护保养状况决定了空调效果。为了保证高效率传热，要求盘管的表面保持整洁。但由于风机盘管一般配备的均为粗效过滤器，难免有粉尘、病菌等穿过过滤器而附着在盘管的管道或肋片表面，会使盘管中冷热水与盘管外流过的空气之间的热交换量减少，使盘管的换热效率下降。如果附着的粉尘很多，甚至将肋片间空气通道都堵塞，则同时还会减少风机盘管的送风量，使其空调性能进一步降低。另外，长期不清洗的风机盘管会滋生多种病因此，风机盘管应定期清洗，可以清除或减少风机盘管灰尘和细菌，改善空气质量，降低风阻，恢复热交换效率和送风量，延长机组使用寿命，降低能耗。
应根据使用情况每年进行1-2次维护保养，但每年不得少于一次。堵塞严重时，应采用机组整体拆卸下来清洁和维护保养的方式。必要时更换损坏部件甚至更新风机盘管。
过滤网一般三个月清洁一次，滴水盘一般一年清洗两次，叶轮、盘管应视叶片翅片间附着的粉尘情况，一年吹吸一次或用水清洗一次，翅片倒伏需要专用翅片齿梳整理。
使用时应确保冷凝水盘无积水，凝结水排放通畅，过滤网无积尘，各风阀的开度在设定位置不偏移，皮带松紧度合适无明显磨损，进出水管接头无泄漏，风机轴承不缺油，温度控制设定值正常，无异常噪声和振动。风机盘管不使用时，盘管内要保证充满水，以减少管道腐蚀。冬季不使用的盘管要采取防冻措施，以免盘管冻裂。
