风冷式冷凝器的清洗比较简单，可用细钢丝平刷将冷凝器前后的外表面灰尘刷净，对肋片里面深处的灰尘可用压缩空气吹净。
水冷式冷凝器(包括蒸发式冷凝器)经过一段时间运行后换热器表面会形成水垢及沉积物，使冷凝效果恶化。有资料统计:如果冷凝器水侧表面有1.5mm的水垢，会造成冷凝温度升高2.8℃，使制冷装里功耗增加9%左右。此外结垢还会腐蚀设备，缩短设备的使用寿命。所以，要根据水质和冷凝器结垢情况，定期清洗冷凝器，保证其换热效果。
由于各地水质差异较大，为了有效防止水垢，应请熟悉当地水质的水处理公司来处理水垢问题，按照GB 50050-2007(工业循环冷却水处理设计规范)的相应要求来处理循环冷却水，以获得设备最大的换热能力和使用寿命。
水冷式冷凝器的水侧除垢有机械法和化学法两大类。采用机械法时，将冷凝器两端封头拆下，手工用螺旋钢丝刷深入管内往复拉刷，并用高压水冲洗。或者用洗管器进行除垢，清洗时注意冷凝器换热管与管板的胀口及焊口，以防抖动而振松。这种方法适用于钢制冷却管的冷凝器，不能用于铜管冷凝器。
化学清除法是用盐酸或其他清洗液对水垢进行清除，由于设备换热管胀接过程中多采用厌氧胶，应注意清洗用的清洗液不能与之起化学反应。按如下步骤进行:
①将冷凝器内的工质抽出。
②关闭冷凝器的进出水阀，拆下进出水管。
③将冷凝器的进出水管接酸洗系统，开动清洗泵，循环时间视水垢清除程度而定。
④清洗完后用碱溶液进行清洗中和。
⑤用清水冲洗，视水清为止。
⑥对冷凝器进行气压试漏，检查换热管在清洗后有无损伤。
