为使机组安全、可靠、正常地运行，螺杆式机组的微机控制系统根据自身的特点，建立了机组的开机、停机与再循环程序。
机组开机后，微机要执行一系列的开机检查，检查机组各安全保护系统及报苦系统，确定机组各参数是否都在规定的范围内。如检验通过，则依次完成冷水泵开启，冷却水泵开启，冷水流量与冷却水流量检验等一系列程序，直至压缩机起动，机组进入正常的运行状态。
机组接到手动关机命令后，按顺序，首先关闭压缩机，随后根据压缩机电动机电流的衰减情况，关闭冷却水泵，再延时关闭冷水或盐水泵。如果关机过程中出现某些异常，则关机程序将被改变。如关机时冷凝水进水温度大于某一温度，则微机控制算法将会另外决定主机停机后，何时关闭冷却水泵。
机组停机程序能够保证机组的正常停机。压缩机在低负荷工况运行时，可能会使机组循环关机。这是由于压缩机的最低制冷量可能会大于外界所需要的热负荷，当压缩机运行时，冷水温度持续下降，最终导致关机。等冷水温度回升后，再重新开机。这种循环称为再循环，完成这个功能的程序称为再循环程序。当机组处于再循环程序运行时，冷水泵将继续开启。
除手动关机外，系统还设有安全关机，即故障关机。它的关机程序与手动关机程序基本相同，所不同的是微机屏幕将显示关机的原因，同时报警指示灯连续闪亮。安全关机必须按复位按钮才能解除报警信号。
螺杆式机组的开机、关机与再循环程序中，机组各部件的运行顺序见表50-16及表50-17。
