制冷机组的程序控制，包括机组的开机程序，正常关机程序与故障关机程序。这些程序是保证机组安全可靠运行的前提条件，也是延长机组寿命，减小机组事故发生率的必要保证。开机程序包括在全自动状态下正常起动及循环起动。正常起动即是机组的起始开机，循环起动即是机组在冷水低温停机后的再起动。正常起动需要操作人员按下机组“运行”按钮，当机组接到这个指令后.即按顺序依此开冷水泵、冷却水泵及液压泵，并检测冷水泵、冷却水泵的流量是否正常，油压是否正常，随后延时开主机。主机根据冷水出水温度自动调节导叶，进入正常的反馈控制阶段，开机的程序框图见图50-31。
机组桥环起动前，主机处于待命状态，等待冷水出水温度回复。当冷水出水温度回升至某一温度后，同时机组的停机也已超过了一定的时间，油温也大于一定的值时，则主机进入自动再起动状态，起动程序框图见图50-32。
停机程序包括正常停机和故障停机。正常停机又包括手动停机与自动停机。手动停机是由于用户按了“停止”按钮。自动停机则是因为冷水出水温度过低而导致的。它们的停机顺序荃本相同，唯一不同的是自动停机将使冷水泵持续运行，直到再开机。手动与自动停机程序框图见图50-33。另外，故障停机的顺序与上述手动停机顺序相同，只是控制系统还在显示器上闪耀显示故障代码并报警。
此外，机组还设有紧急停机按钮，无论机组处于何种控制状态，紧急停机按钮均有效。在特殊情况下需要紧急停机时，按下按钮，主机将自动停机、报替，并在显示器上显示相应代码。
