为使蓄冷系统的运行既能充分满足不断变化的负载要求，又能确保安全、经济的效果，必须具备较完善的控制手段。作为整个蓄冷系统的控制，除了制冷机组的安全运行控制、容量控制、运行工况的转换控制，以及通常的空调供水、回水温度的控制外，还应包含蓄冷运行工况和供冷运行工况之间的转换控制。
在蓄冷工况和供冷工况运行转换控制方面，如果采用的是全量蓄冷系统，问题比较简单。在采用分量蓄冷时，便要解决制冷机与蓄冷装置之间的供冷负荷如何合理分配的问题。这就涉及到控制策略问题，常用的控制策略有三种:即制冷机组供冷优先、蓄冷槽供冷优先及优化式控制。
1)制冷机组供冷优先。这是指在既可以由制冷机组直接供冷，也可以由蓄冷槽供冷的情况下，选择尽量利用制冷机组作满负荷运行供冷。只有当空调冷负荷超过了制冷机组的供冷能力时，才起用蓄冷槽，令其承担不足部分的负荷。这种控制的实施简便，运行可靠。但是，蓄冷槽的使用率低，不能蛟大限度地削减高峰用电负荷、节约运行费用。
2)蓄冷槽供冷优先。这是指在既可以由制冷机组直接供冷，又可以由蓄冷槽供冷的情况下，确定优先尽量发挥蓄冷槽的供冷能力。只有当蓄冷槽的供冷能力不足以满足负荷要求时，才起动制冷机组供冷。显然，这一策略的成功实施比较复杂。设想，如果安排失当，一旦当蓄冷槽的供冷能力耗尽，而制冷机组的供冷能力又不足以满足实时负荷要求，则必将影响用户使用要求。所以，实施这一策略的前提是要有对空调供冷负荷的预测，以便做到既要最大限度地高效率利用蓄冷槽的蓄冷能力，又要确保其在任何时刻具备能力，以补充制冷机组应付实时负荷能力之不足。
3)优化式控制。这是一种建立在电子计算机控制技术基础上的控制方式。利用电子计算机对前一天系统运行中的各项参数进行快速及时的采集、运算、处理，进而对未来一天逐时负荷和蓄冷槽的逐时供冷能力，作出精确的计算和预测，并相机实施自动适应性调整，以求充分利用昼夜电价差，实施最经济的优化运行模式。
