冷却后的鱼并不能长期贮藏，一般只用于鲜鱼运输和加工或销售前的暂时贮藏。为了长期贮藏，必须将鱼体温度降得更低。在生产中，冻鱼的最终温度根据冻结设备、工艺和贮藏期的不同而异。如只需短期贮藏的鱼类，可将鱼层表面5~10mm厚的一层冻至-3℃~-5℃,鱼体内部只有0~1℃,贮存于-3℃库房中，可贮藏20天左右，这种方法称为“微冻保鲜”。如要长期贮藏，冻鱼的温度要降到-15℃以下，此时鱼体中85%以上的水分己经冻结。对某些鱼类(如金枪鱼等)，有采用-18~20℃甚至更低的温度。在这样的冻结过程中，鱼体内发生的不良变化很小，能够贮藏较长时间，解冻后新鲜度较好，产品质量较高。
鱼类冻结前的清洗和整理
鲜鱼在冻结前必须经过挑选和整理。先剔去已腐败变质和受机械损伤的鱼和杂鱼，然后将鱼放在清洁水中洗涤〔最好3~4℃水)，以清除鱼体上的粘液和污物(无鳞而多脂的鱼，如带鱼、绍鱼等则不必清洗，因洗涤会使其在冷藏过程中因脂肪氧化而迅速变黄)。清洗时要轻拿轻放，鱼在水中停留时间不得过长。
需装盘冻结的鲜鱼，必须经过整理，因为鱼整理得是否平直整齐会影响到鱼的质量和损耗。
