制冷系统按采用制冷剂的不同，主要分为氨制冷系统和氟利昂 制冷系统等，两者之间比较如下。
(1)一次投资性 一般情况下，大中型氨制冷剂系统较同规模的毛利昂制冷系统投资少。这主要是因氟利昂制冷机组、设备、管路、制冷剂、冷冻油等价格及自动化较高，投资相对较高。
(2)运行成本 氨制冷剂价格低廉，并且制冷剂单位制冷量大，耗电较少，运行成本较低。氟利昂制冷剂价格较高，单位制冷量较小，耗电相对较多，运行成本相对较高。
(3)环保特性 氨制冷剂是天然制冷剂，消耗臭氧系数ODP=0，地球变暖系数CWP=0，对环境无污染。氟利昂制冷剂因破坏大气层的特性，将被逐步淘汰。
(4)节能特性 氨制冷系统制冷系数COP较大，节能效果较好。氟制冷系数COP较小，节能效果相对较差。
(5)安全性 氨是易燃易爆有毒制冷剂，安全性相对较差。氨的刺激性气味更具有容易被人们发现泄漏的情况，能及早发现处理的优势。氟利昂是无毒、不燃烧的制冷剂，安全性较好。
(6)自动化控制程度 氨制冷系统多为人工操作管理，自动化程度相对较低，运行稳定性较好。氟利昂制冷系统自动化程度较高，一般不要人工操作管理。
在大、中型冷库条件允许之下，一般还是选择氨制冷系统。
