水垢对水侧换热器的性能影响很大，常用的防垢措施与除垢方法有下列几种。
水垢的预防措施
a.清除或降低水中的硬性矿物质，控制产生沉淀性盐类的硬度值，钙盐与镁盐的水溶物是硬性化合物，而钠盐的水溶物是软性化合物。因而可用钠来置换无机物中的部分钙和镁，即对冷却水进行软化处理，使硬水变成软水。
b.控制影响水垢形成的无机物溶解度条件。影响水垢形成的因素主要是水的硬度、碱度和总的溶解度，这些因素又受到循环系统水的蒸发量、补给量和排放量三者的影响，水蒸发时是以纯水状态离开系统，而无机物溶质却留在系统中，补入的新鲜水带入了新的溶质。如果保持冷却水循环系统储水量不变的话，那么由于蒸发会使水中无机物溶质浓度不断增加，当超过其溶解度时就会产生沉淀和结垢。因此这些因素需要合理的设计与操作来控制。
水垢的清除 对于水侧换热器及水路中的水垢常采用化学法清除。除垢剂一般分为固体除垢剂和液体除垢剂。除垢时，按一定浓度将除垢剂加入水系统中，开启水泵水系统循环运行30 ~40min，排净循环过的水溶液，再用清水将系统冲洗干净。
