冷水机组一般为自动运行。当热负荷减小时，冷水机组自动卸载而停机(属自动停机)。自动停机时机组的供液电磁阀与制冷压缩机联动启闭，不必进行任何操作。
当机组需停机时，应手动操作停机。手动操作时应注意以下几点:
(1)将冷水机组的选择开关转到“卸载”位置。
(2)制冷压缩机将自动卸载，到设定的低压时会自动停机。压缩机停机后关闭电源开关。
(3)停机20min后，关闭冷却水和冷媒水系统。
(4)短时间停机不要关闭曲轴箱加热器的电源。
(5)对于长时间停机，应将制冷剂贮存在冷凝器中，并关闭压缩机的吸、排气阀，拧紧阀上的阀帽。将蒸发器和冷凝器及管道内的水全部放出，防止冬季冻裂，然后关闭总电源。
当冷水机组出现不正常现象而发生故障时，保护装置将动作，自动切断电源而停机。同时有声光报替信号，此时应立即查明原因并排除故障。
对于冷水机组的开、停运行情况及故障维修情况，应认真填入运行记录，以便存档备查。
冷水机组的润滑油应每年全部换新，过滤网每年至少清洗一次。冷凝器和蒸发器每年应进行一次除污除垢，水系统每年应进行水质处理。
制冷系统中的制冷剂量要定期检查，偏少时应在检漏维修后补充。补充时在机组运行状态下从压缩机吸气端充注。制冷剂的充入量，以规定工况下制冷压缩机的低压表和电流表指示值为正常数值为合适。
