循环水系统尽管使用经过处理、符合水质标准的水，但循环水在使用过程中，由于温升、浓缩和蒸发等原因，循环水含有的碳酸盐(Ca(HC03)2、 Mg(HCO3)2)中的CO2逸出和pH值的变化，将生成CaCO3和Mg(OH)2从水中分离出来，沉积在冷却器或管道内壁形成水垢。
冷却水经冷却塔等冷却设备降温的同时混入了空气中的尘土和细菌，也会引起制冷设备和管道的内壁形成泥垢等，不仅降低了设备的热交换效率，而且会造成冷却设备和管道的腐蚀、堵塞，影响系统正常运行，严重时会导致停产检修。所以在循环水使用中，要进行必要的水质处理。循环用水的水质处理主要是控制结垢、腐蚀和控制微生物繁殖等。
对冷却水蒸发浓缩，可采取冷却水不断排污和补充新鲜水量的方法来防止结垢。但是当系统中水的碳酸盐含量接近饱和，温度升高时仍将有盐垢沉淀结出。此时可以电子除垢器和自动冲洗净水器配合作用，循环的冷却水经电子除垢器处理后，可改变形成水垢的钙、镁盐的分子结构，形成松散体随水流出，再与水中的悬蚀物一起经自动冲洗净水器处理，即可达到净化冷却水的目的。
另外，为防止设备与管道的腐蚀，热交换器内结垢和由于菌藻影响形成生物污泥，通常在水系统中添加水质稳定剂。使用水质稳定剂时，水质稳定剂的加入量应根据水系统水质状况来决定，以水质化验报告为依据，结合日常运行中的调整定出最佳添加量。
