食品冻干机与医药冻干机的工作原理、工艺过程虽然都差不多，但还是存在许多差异的。原因如下。
①产品发展的道路不同，设计中考感的重点也不相同。冻干药品单份用量小，售价贵，加工费所占比例小。药品是患者的必购品，市场需要是客观存在的，因而加工费用，能耗可不作重点考虑。
但药品直接进入患者（人或动物）体内，甚至血管中，其安全性（无污染）、有效性（细菌的存活率或药品的效价）是设计中首先要考虑的间题。20世纪80~90年代以来医药冻干机是在贯彻GMP的推动下，不断完善和发展的。冻干食品单份使用量大，售价低，加工费相对较大；加之一般情况下，不是消费者的必需，要占领市场，其成本和价格是首先要考虑的（当然亦要保证质量）。这也是食品冻干机不断更新换代的推动力。这种不同的发展思路，自然形成了不同的设计理念。
②制品形态不同。药品冻干前多配制成稀溶液，冻结后成为一紧密的冰团，而固态食品经切分装盘后，在盘中为松散的堆积物。这就带来设备结构和加工方法等一系列差异。
