清洗管的布置应保证箱、阱内所有零件表面都能彻底清洗干净。例如，冻干箱中一般在其四角竖直安设清洗水管，以能清洗箱壁、箱门、搁板和其他箱内零件。在水管上布置喷嘴时，其顶部安装球形喷头。清洗泵起动后，喷嘴前的水压超过1.5MPa，清洗水呈雾状喷出，清洗各喷嘴所负责的零部件表面。与此同时，搁板作上、下运动，以便将搁板所有表面彻底清洗。清洗完后，残水由箱底汇集从排水管排出。
一般来说清洗水不重复使用，因为循环清洗有造成全面污染的可能。若分粗洗、精洗两次清洗，则粗洗可用循环水，但其水罐必须与精洗的水罐分开，且精洗不得用循环水。为了节约设备投资，几台冻干机可共用一套清洗系统，图74所示的为两台冻干机
共用一套CIP的系统图，其清洗步骤如下：先向罐1注满去离子水，启动泵2对冻干机进行喷淋，考虑到箱内可能有粗的固体颗粒，打开箱体直排阀排掉清洗完的水。当泵2出口处的流量探头感应到没有水时，切断泵2.再次向罐1注满去离子水，启动泵2，随后，启动泵1进行循环清洗。一段时间后关闭泵1，打开箱体直排阀，排掉清洗完的水。最后向罐2注满注射用水，启动泵2对冻干机进行最后喷淋，同时打开箱体直接阀排掉洗完的水。考虑到无菌性，清洗罐必须设计成可灭菌的，清洗罐内还需设计高位和低位两个液位控制开关。
