瓶装冻干的瓶子有安瓿、小玻璃瓶和血浆瓶。
人血浆冻干一般用标准的输血用瓶分装，其容量为每瓶250
~500mm3，用壳状冻结器冻结后，储存在一30℃冷库中备用。
冻干时可在多歧管冻干机上干燥，或装人铝块的盲孔中，在搁板冻干机上干燥。
人用生物制品、药品冻干过去多用安瓿，这是因为安瓿价廉，剂量合适，且用熔封，其密封可靠。为了采用机械加塞密封，现在多采用平底小玻璃瓶（西林瓶）。小玻璃瓶用抽底托盘装人干燥箱后，将盘底抽出，使瓶底与搁板直接接触，利于搁板向制品传热和使所有制品的温度均匀。
模制玻璃小瓶为凹底、且壁厚、内径不规则，采用机械加塞困难。吹模薄壁小瓶或管子拉制小瓶，其实体均匀，底平。有精确的瓶颈瓶口和高度，适于在真空干燥箱内机械压塞。
用于真空干燥箱内机械压塞的瓶塞常用丁基橡胶制造，形状如图7-7所示，顶部为塞盖，中间为直径与瓶口内径配合很紧密的圆柱部，下部为带槽（或缺口）的支撑部。在产品分装后，由半加塞机将瓶塞放在瓶口上。干燥时，升华出来的水蒸气可以从支撑部的缺口或槽中顺利地逸出瓶外。干燥完毕后，用机械压下瓶塞，使其圆柱部分进入瓶口，起到了密封作用。产品出箱经检验合格后，
用蜡封或压上铝帽，即可出厂。瓶塞在使用前需进行表面硅化处理以利润滑。
所谓硅化处理，就是在瓶塞表面涂抹一薄层硅油，以使压塞时瓶塞易于进人瓶口。硅化处理的方法有多种，有干式涂抹和湿式浸泡。湿式浸泡是将洗净的塞子放人清洁的不锈钢容器内，加放无热源水没过瓶塞高度25mm左右，按1kg瓶塞用0.2mL硅油的比例在水中加人硅油，不断搅拌瓶塞，硅油将会均匀地涂布到塞子的所有表面（也可以用质量分数为2%~5%浓度的硅油乳化液浸泡，这时可不搅拌瓶塞），然后将瓶塞捞出，用空气干燥或真空干燥法使瓶塞干燥，再进行高压蒸气消毒，即可使用。
硅化用的硅油应为医用硅油，其运动粘度为350cSt左右，应对产品不起生物和化学作用。
安瓿一般用中性玻璃或硼硅盐玻璃制成，容量为0.5、2.5、
5.0、10mm3.为了熔封方便，在瓶颈处制成一个收缩口，收缩口必须有足够的通道供溶液进入和水蒸气逸出，其位置应远离产品，以免熔封时使产品过热。
现在也有少数冻干机中采用能在真空箱内机械压塞的特殊安瓿，其形状如图78所示。塞子的形状与小玻璃瓶的带槽塞子一样，所不同的是安瓿在机械压塞后仍需熔封，用过的瓶塞可以废弃，也可以重复使用。这种安瓿比一般安瓿高，因而诚少了冻干机的容量。
