冻干机的清洗有手工清洗和机械在线清洗，现代医药冻干机多采用机城在线清洗（CIP）。
清洗方式根据机器的不同状况，清洗程序各不相同，在洁净环境下，利用冻干箱使用的间隙时间进行的日常清洗有下列一些方式
①清洗水由水泵吸人经管道阀门，喷嘴冲洗冻干箱、冷阱等的内部表面，将污染物和杂质带走，污水从底部排出。一般来说，清洗水不得循环使用，因为这样有造成全面污染的危险。但是有的生产厂家为了节约清洗水，将整个清洗过程分成粗洗和精洗两个阶段。在清洗水系统中多设一个粗洗水槽，粗洗时，用此水槽作储存容器进行循环清洗。精洗时，将清洗水系统与此水槽断开，清洗水只作一次性使用。
②用一定浓度的碳酸氢钠或氢氧化钠水溶液，经喷淋循环清洗，然后用一次性蒸馏水冲洗，且陪彻底清洗干净，不得留有清洗剂的残留物。
③更换冻干品种时，若冻干箱内的残留物靠冲洗较难干净，则需先用清洗剂手工擦洗，然后用蒸馏水机械冲洗。
清洗完后，用轴空或吹入无菌干燥空气（气体）进行干燥。
