百合一般在11月初采收，多用锹掘出鳞茎，及时除去茎秆、泥土，剪掉须根。百合不耐风吹、日晒，新掘起的鳞茎不可在田间风吹、日晒，以防外层鳞片变色、失水。
采后的百合应及时装运到阴凉处，均匀地摊铺在地面上摊晾，散去田间带来的热量，进行预冷，以免产品发热。
储藏的百合应选色白、个肥大、球形圆整、抱合紧密、无散瓣、焦瓣的鳞茎，操作时应轻拿轻放，避免伤损。
可将选好并经预冷后的百合装箱或装塑料薄膜袋密封再装箱，送入保鲜冷库堆码或上架储存。保鲜冷库储藏温度控制在0℃左右，相对湿度65%~75%，可储至翌年春天出库。
也可以将选好百合放在装有干泥炭的聚乙烯薄膜箱中，将库温设置在-0. 5℃温度左右，可以使百合储藏期延长到半年以上。这是因为塑料薄膜可防止百合失水，在泥炭和低温条件下可以抑制其生根、萌芽和病害发展。
