微机控制系统执行安全保护功能，在系统出现异常工作状态时，能够及时预报、警告，并能视情形恶化的程度，采取相应的保护措施，防止事故发生。此外，还可进行安全性监视等。安全保护按故障发生的程度，可分为重故障保护和轻故障保护两种。
重故障保护是针对制冷机组设备发生异常情况而采取的保护措施。这种情况下，系统故障发生，导致安全保护装置动作后，必须检测设备，查出机组异常工作的原因，待排除故障后，再通过人工起动，才能使机组恢复到正常运行。
轻故障保护是针对机组偏离正常工况而采取的一种保护措施，机组自动控制系统能够根据异常情况采取相应的措施，使参数从异常恢复到正常，并使机组自动重新起动运行。
