冻结间与冷藏间自控回路不同，它除了降温和应维持恒定的库房温度外，还要保证食品所必需的冷加工时间，融霜及输送机构的自动控制。另外，冻结间或冻结装置的种类很多，工艺流程也各不相同，现以吊轨型冻结间为例叙述冻结间的自动控制。
按照冻结间的工艺流程，一般可分为五个阶段：空库降温（或空库保温）、进货、冻结、出货和融霜。
①空库保温：对某一时期内停止使用的冻结间须处于一定的负温。一般保持在-5℃以下，以防止构筑物因冻融循环而引起的破坏，空库保温一般由设在机房的遥测温度计显示室温，使用按钮操作使系统投入或停止运行，同时也受温度调节器的控制。
②空库降温：进货前，先将冻结间内温度降低到一定的负值，一般采用-10~-15℃。它有两个作用，一个是防止热货进入后使构筑物表面温度升高至0℃以上，产生冻融循环；另一个是使热货尽快降温。空库降温一般由装在冻结间内的温度调节器控制，在空库或进货情况下，当库温回升至上限值时，温度调节器动作。使供液和回汽电磁主阀开启，系统投入运行。
③冻结时间：当进货完毕，系统自动进入冻结过程，时间继电器动作，冻结制冷系统按调定的冻结时间开始工作，在冻结过程中如因停电、停机等时间均不计在内，当累计冻结时间达到预定值（一般一次冻结的累计时间定为20h，可根据货物实际的冻结时间进行调整），又库温降至下限值，机房控制屏出现“冻结完成”信号，供液电磁主阀关闭，风机停止运转，延时几分钟，回汽电磁主阀关闭，制冷系统停止运行。所以，制冷系统投人运行是受库房温度的控制，而制冷系统停止运行则受库温和冻结时间两者的控制，这样可避免在冻结过程中出现库温已降至下限值，而食品还未冻透，制冷系统已停止运行的现象。
