恒温冷库对温度的要求是比较严格的，各种食品都有各自的控温指标，一般上下波动不得超过1℃，蒜墓则要求更加严格，要求低于0.5℃。由于区域空间温差的客观存在，恒温冷库储存的食品必然受到不利影响，其危害主要有以下几个方面：
由于区域空间温差的存在，使一部分或者一大部分食品处于低于或者高于规定的指标温度，从而造成一部分区域空间的食品储温较高，另一部分区域空间的食品储温较低，那些处于不适宜储温环境中的食品，在长期储藏过程中逐渐发生不良的品质变化，使储藏质量参差不齐，从而影响整体储藏效果，降低食品储藏价值。
处于温度较低区域空间的食品极易发生大面积的低温伤害。食品在储藏中接近和达到其生理冰点，大都会发生不同程度的冻害。而这些食品对低温相当敏感，一经冻害，将会完全丧失其食用价值，即便是较耐低温的产品，经过冻伤后也会降低其食品的价值，从而造成不必要的经济损失。一个储藏蒜墓多年的恒温库，每年都有上万千克或数万千克蒜墓被冻坏，经济损失很大，主要原因都是由于区域空间温度差所致。
处于温度较高区域的食品，其实际储藏温度都超过了规定的指标温度。持续的超温，使食品长期处于不良的储藏环境中，从而必然使食品的呼吸强度增加，加速食品的成熟衰老过程，导致品质下降，甚至腐烂变质。同时，较高的温度，极利于各种霉菌的生长繁殖，也会加重食品的危害。在恒温库内处于较高温度区域的食品比处于正常温度指标下的食品，储藏时间要减少30~40天，食品损耗增加3%~5%，保鲜指数也会明显下降。
由于区域空间温度的高低差异，增加了所储食品发生病理、生理病害的可能性。由于区域空间温差形成低温，会使部分食品不同程度地发生冻害和冻伤；温差形成的高温，又会使部分食品早衰，持续的高温和温差的频繁变化，会使苹果早发褐烫病，也会使在采摘、运输、人库的过程中造成的人为机械伤不易自我愈合，库温的不均衡也会使食品的地方病害加重和恶化。
区域空间的温度差异在食品的气调冷藏中，也会影响二氧化碳和氧气的成分比例变化，而有些食品如蒜墓必须在冷藏中进行气调储藏，这种温差变化不利于气体指标的有效控制，从而降低了气体调节储藏的效果。
