中间取样装置为了测量冻干过程的某些参数（如含水量），以研究这些参数在冻干过程中的变化情况，或为获取原始数据制定冻于曲线，往往需要将正在冻干的制品从冻干箱中取出进行分析。许多冻干机供应商在实验用冻干机、甚至生产用冻干机（可选择订货）的箱门上，装备有中间取样装置。
不同广商提供的中间取样装置的形式各不相同，但其结构原理都差不多，图6-18示出了一种中间取样装置及其结构示意图，该装置安装在冻干箱的箱门上。
冻干时取样密封门6关闭，需要取样时，取样爪3伸人冻干箱内夹取制品瓶，并拖至压塞器2下面，用压塞器将瓶塞压紧，再拖至真空阀5上方松开，样品掉人取样室内，关紧真空阀5，打开放空气阀8，待取样室压力达到大气压后，打开取样密封门，可将样品取出。而后关闭放空气阀8和取样密封门6，又可进行下一次取样。
