制品的密封已干燥产品是一种疏松的多孔物质，有很大的内表面积，如果暴露于空气之中，就会吸收空气中的水分而潮解，增加产品的残水含量。其次，空气中的氧、二氧化碳与产品接触，一些活性基团就会很快产生不可逆的氧化作用。再者，空气中如含有杂菌，还会染污产品。因此，制品干燥后，最好在冻干箱内密封后取出，现在所生产的冻干机基本上都有此功能。有的用气囊压塞，有的用双螺杆压塞，比较多的是用液压压塞。
若用安瓿分装，或者冻干机没有箱内压塞功能时，产品冻干完后，需放人无菌干燥空气（或纯度为99.99%的氮气）至箱内，产品出箱后再加塞、压塞、抽空、检验真空、蜡封（或压铝盖）或者熔封
（熔封则不加塞和抽空），这一过程需在无菌室中操作，且尽量缩短时间，也可分批出箱密封，或者将其移人一干燥柜中，分批密封。
安瓿熔封最好使用双焰或交叉火焰。火焰长度仅需10mm左右，用煤气或中性煤气的热量就已足够。若将丁烷与空气混合作燃料，除硬质玻璃外，均不需加氧气。火焰应围绕安瓿的拉长处运动，不能在火焰上静置，否则易引起破裂。安瓿熔封后应放在支架上冷却，不然容易出现裂纹。若用单头火焰熔封，应将安瓿作正、反两方向旋转，避免玻璃破裂或产生应力。用热焰加热过的地方，要用冷焰退火几秒钟，在密封冷却后顶部用氯丁橡胶甲苯溶液徐覆，以免产生裂缝。
