（一）系统性原则
冷链物流系统在设计时，必须综合考虑、系统分析所有对设计有影响的因素而获得最优方案。首先，从宏观上来看，冷链物流系统在整个社会经济系统中不是独立存在的，它是社会经济系统的一个子系统，应与其他社会经济子系统相互融合、相互促进。其次，冷链物流系统本是有若干子系统，如冷库、冷藏运输与配送、仓储系统、信息系统等。这些系统之间既相互促进，也相互制约，即存在大量的“效益背反”现象，要求我们在进行冷链系统设计时对系统内部也要系统地考虑。因此，在进行冷链系统设计时，必须坚持发挥优势、整合资源、全盘考虑、系统最优的系统性原则。
（二）可行性原则
冷链系统设计必须要考虑现有的可支配资源，必须符合自身的实际情况，无论是从技术上还是从经济上都可以实现。为了保证可行性原则，在进行冷链系统设计时，要与总体的物流发展水平、社会经济总体水平及经济规模相适应，既要有前沿性和发展性，又不能超过本身的整体承受能力，以保证冷链物流系统设计的实现。
（三）经济性原则
在冷链物流系统的功能和服务水平一定的前提下，追求成本最低：或者在既定成本的约束下，追求服务水平最高，以此来实现系统自身利益的最大化，主要体现在如下四个方面：
1. 连续性
良好的冷链系统设计和节点布局应该能够保证冷链各要素在运作过程中的顺畅性，消除无谓的停滞，保证整个流程能够无缝衔接，以避免无谓的浪费。
2. 柔性化
在进行冷链物流系统设计时，要充分考虑各种因素的变化对系统带来的影响，便于后续的扩充和调整。
3. 协同性
在进行冷链物流系统设计时，要充分考虑冷链系统的兼容性问题，或者说是冷链系统对不同要素的适应性。当不同的冷链要素都能够在一个系统中运行时，该系统的协同性好，能够发挥协同效应，降低整个冷链系统的成本。
4. 利用率
冷链物流中的冷库建设和冷藏车的购置需要的投资较大，是一般库房和干货车辆的3~5倍。冷链物流的运输成本高，因为电费和油费是维持冷链的必要投入。因此，必须大大提高冷链系统的利用率，才能有效分摊冷链费用，降低冷链成本。
（四）创新性原则
冷链物流系统设计本身就是创新思维的产物，作为一种新型的管理模式，冷链系统设计要坚持创新性原则。与国外发达国家相比，我国冷链设施相对落后，冷链效率低。因此，在冷链物流系统设计时，应充分学习与借鉴先进的冷链设计理念，在结合自身技术的基础上，要敢于突破陈规，大胆质疑现有的物流管理方法，采用新的更先进的物流技术，从新的角度和视野来审视原有的物流模式和体系，进行创造性的创新规划与设计。
（五）服务性原则
在当今消费者占主导地位的时代，一切经济活动都必须以市场为中心、以客户为中心。在冷链物流系统设计时，必须以客户为中心，从客户角度和立场来看问题，坚持服务至上原则，而不是以自我为中心、以产品为中心。
